Как уже ответили выше, в Cron другой набор системных переменных.
Что могу посоветовать?
1. Как минимум поставьте у всех команд, которые выполняются в скрипте (cp, rm, cat) полные пути (/bin/cp и так далее). Полный путь можно узнать командой which.
2. Ведите log-и. То есть выводите результат выполнения каждой команды в файл. Поможет отладить и понять, что выполняется, а что нет.