Если через терминал запустить скрипт, то он отработает до конца, а если через Cron, то прерывается. Что делать? Может быть какие-то настройки на хостинге стоят?
ywitodenasuby, тут есть 2 варианта:
1. происходит ошибка (в логике или, например, недостаточно прав). отлавливается логированием.
2. у хостера жесткие лимиты на время выполнения/нагрузку и он киляет все процессы, которые в них не укладываются.
Обращайтесь к хостеру, потому что любое задание (как правило), не ограничено во времени выполнения. Например php, оно по-умолчанию не ограничено для выполнения (cli), потому я Вам советую обратится к хостеру.
Скорее всего дело в том, что процессы запускающиеся из cron и задания запускающиеся из shell имеют разный контекст -- разный набор системных переменных(в крон -- значительно меньше).
Как уже ответили выше, в Cron другой набор системных переменных.
Что могу посоветовать?
1. Как минимум поставьте у всех команд, которые выполняются в скрипте (cp, rm, cat) полные пути (/bin/cp и так далее). Полный путь можно узнать командой which.
2. Ведите log-и. То есть выводите результат выполнения каждой команды в файл. Поможет отладить и понять, что выполняется, а что нет.
Я обычно сталкивался с тем, что если скрипт запускается кроном, то в нем внезапно требуется чуть ли не всем командам прописывать полные пути, даже таким как mkdir например.
Средний
