Если в лоб.
1. Сделайте дамп базы.
2. Измените 1 рубрику
3. Сделайте дамп бызы
4. Запустите diff любой я использую k3diff
4.1 Выберите идентификаторы тем которые вы хотите обновить
5. Скопируйте этот update для каждой темы из вашего списка.
6. Выполните на базе данных.
PS все действия лучше проводить на тестовом сервере, Скрипт полученный на шаге 6 применять к боевому только после тестирования
PPS возможно вам подойдет специальный плагин
https://wordpress.org/plugins/bulk-edit-categories... 
