во-первых, будут разные комплекты договоров для юр и физ лиц.
во-вторых, чтобы не подпадать под действия закона о национальной платежной системе, в частности об эл кошельках, договора должны строго "отличать" ваши операции от описанных в законе.
если вы оказываете услуги, то комплектом документов будет: договор, акт выполненных работ и сч фактура (если вы выделяете НДС).
для юр лиц нет никакой платежной системы, я не слышал, чтобы кто-то из ПС реализовал эл кошельки для юр лиц, которые предусмотрены законом. Поэтому выставляйте счёт на оплату безналичным способом через расчётные счета и разносите оплату либо вручную, либо автоматически интегрируясь в клиент-банк, бэк-офис бухгалтерский. Основание оплаты: аванс по договору.
по бухучёту авансы будут зачитываться по мере выполнения работ с актами выполненных работ.
Для физ лиц - любой платёжный агрегатор.