Можно использовать фильтр drawtext. Он поддерживает функцию timecode, что позволяет выводить, сколько времени прошло.
-vf drawtext="fontsize=15:fontfile=/Library/Fonts/DroidSansMono.ttf:\
timecode='00\:00\:00\:00':rate=25:text='TCR\:':fontsize=72:fontcolor='white':\
boxcolor=0x000000AA:box=1:x=10:y=10"
Ссылка может быть полезна:
https://ffmpeg.org/ffmpeg-filters.html#drawtext-1