То, что во время загрузки работают оба монитора, а по окончании загрузки только один, может означать, что другой выключен в настройках.
Если у Вас MATE, по попасть в настройки мониторов можно:
- введя mate-display-properties
- через меню панели: Система ⇨ Параметры ⇨ Оборудование ⇨ Экраны
Вероятно, в других графических средах (Gnome, KDE и т. д.) есть что-то подобное, не берусь утверждать (если у Вас Gnome, загляните в
man gnome-control-center).