Второе (и любые последующие) окно Хрома - это просто одна из закладок первого. В этом легко убедиться, взяв курсором "за шкирку" это второе окно и втащив его среди закладок первого - оно туда встанет. Кстати, наоборот тоже, любую закладку можно вытащить в отдельное окно.
Поэтому все закладки всех окон обязаны быть в истории.
В истории их не нашел, как точно были вкладки не помню.
"Не нашел" - это другое дело. Тогда отфиксируйте поточнее весь период времени, за который они набрались, и откройте все строчки истории за этот период. Искомые должны быть среди этих открытых. А дальше - как подскажет зрительная память.
И на будущее: хранение полезных закладок в открытом виде сильно расходует оперативную память. И кроме того, такой способ хранения - дело ненадёжное (вы сами в этом убедились). Правильнее на каждый найденный полезный интернет-ресурс заводить ярлык в панели закладок.
