В Plesk есть поддержка Cgroups и Chroot. Даже без CloudLinux ограничивает, все, что душе угодно. Еще и статистика подробная.
В ISPmanager Business такого нет, зато есть лимиты по MySQL запросам.
CloudLinux в расчет не берём.
Собственно я этими панелями только и пользуюсь. Самые оптимальные на данный момент.