Нужно к себе в тему в папку themename/woocommerce/emails/ скопировать файл email-order-details.php из plugins/woocommerce/templates/emails/ и в нём править.
Там есть
$totals = $order->get_order_item_totals();
foreach ( $totals as $total ) {
...
}
Нижняя часть таблицы скорее всего тут выводиться. Можно в цикле добавить проверку и не выводить какие то строки.