Варианты:
1. Расписать все возможные поля в классе Java, если хотите использовать Pojo или всякие библиотеки типа Spring Data Mongo
2. Предварительно запихать поля и значения в мапу типа
Map<String, Object>
и потом динамически формировать org.bson.Document, как в
примере из документации к mongo-driver
3. Использовать динамически типизированный язык вместо Java