Решил так, в секцию location ~ \.php$ в самом начале добавил, вот такие строки
if ($host ~ ^(sub\.site1\.ru)$ ) {
return 301
http://site2.ru$request_uri;
}
Так даже лучше, мне как раз нужно было сделать перенаправление если это php.
Например при переходе на адрес sub.site1.ru/script.php происходить перенаправление на site2.ru/script.php