Использовать специальные "портативные" версии или хранящие настройки в своей папке или качать такие версии сделанные самими авторами ... есть ещё варианты, но это самые простые.
Не всем же программам можно portable версию сделать?
Почти всем, за редким исключением. Уж как минимум "виртуализировать" обычную программу, сделав её портативной можно даже с помощью "особых инструментов", например "вмваря тининсталл".
можно ли на флешку накидать программ или виртуальную машину (только что б она полностью была на флешке, даже сама программа)
Можно! Если спросят, скажи - на тостере разрешили (если чо, говори - разрешил Ёжыг).
