Тебе понадобятся две переменные:
1) Начальное время (timestamp)
2) Конечное время (timestamp)
Первое можно получить из текущего времени: (new Date()).getTime()
Ну либо с сервера или из какого-то хранилища, смотря что за скрипт, но это не желательно, т.к. в теории может быть рассинхронизация с текущим временем.
Второе желательно вычислить, как текущее время (timestamp) плюс интервал таймера.
Далее всё просто. Делаешь setInterval и в нем обновляешь таймер. Точности в 100мс должно хватить для большинства кейсов. Ну а как перевести время (число) в представление mm:ss, - это просто, там нужны элементарные знания основ JavaScript по работе с числами и строками. Надеюсь, разберешься.