1) установи sudo
2) создай файл /etc/sudoers.d/имя_твоего_юзера
visudo /etc/sudoers.d/имя_твоего_юзера
3) с таким содержимым:
имя_твоего_юзера ALL = имя_юзера_от_которого_работает_php /путь/до/php
4) теперь можно выполнять команды от имени юзера, у которого есть права на запись:
sudo -u имя_юзера_от_которого_работает_php php artisan make:migrate
https://wiki.gentoo.org/wiki/Sudo/ru
5) для упрощения можно добавить в ~/.bashrc
alias phpsudo="sudo -u имя_юзера_от_которого_работает_php php"
теперь можно использовать команду phpsudo вместо sudo -u имя_юзера_от_которого_работает_php php"
5 пункт не будет работать до релога на сервер или выполнения команды source ~/.bashrc