Денис Загаевский, это файл-хранилище сертификатов. Для установки EJBCA использовал команду ant install. Должен был создаться файл-хранилище сертификатов superadmin.p12. Затем его надо сымпортировать в браузер.
Проблема была в UnlimitedJCEPolicyJDK7 - специальное расширение для безопасности в Java. Его можно скачать с офф сайта и перезаписать их в установленный ранее jdk.