Ну то есть некоторые системные команды? Есть несколько способов:
- Если бинарь в /sbin, /usr/sbin - просто исключить эти пути из PATH в .bashrc у юзера
- Если бинарь в /bin, /usr/bin - можно создать папку /bin в домашке юзера, накидать туда пустышек (линков с true например) и поставить ее первой в PATH
- Дать юзеру другой шелл, не bash :)