Почему на некоторых файлах ставятся права доступа?Не на некоторых, а на всех.
как с этим справится, чтобы это уведомление не мучало?Назначьте нужные вам права.
Есть ли смысл перейти на exFAT?Кто же знает, что вам нужно и в чем смысл для вас.
Кому это нужно? Что это за откровенная чушь?)Это основа безопасности системы. Это нужно пользователям, и администраторам.