На подобных форумах это всё обычно крадется через шеллы. Используя уязвимости загружается скрипт позволяющий выполнять удаленные команды на сервере. Иногда команду на сервере можно выполнить прямо из адресной строки браузера. Так или иначе все сводится к получению доступа к командной оболочке операционной системы с правами достаточными, чтобы выполнить бекап файлов/базы прямо в webroot для дальнейшего выкачивания их по http.
На что обратить внимание, чтобы в последующем не найти свой проект на одном из этих форумов?
На логирование запросов и в целом мониторинг проекта. Всё подозрительное сыпется куда-нибудь для последующего анализа человеком. Проект может быть найдешь на одном из подобных форумов, но будет возможность узнать как сайт был слит, воспроизвести и исправить уязвимость. Хотя если сервер криво настроен, то логи тоже могут затереть.