По-хорошему, разделить приложение на две части и в каждой определить свой store.
Но вам ничто не мешает использовать неограниченное количество store в одном приложении:
Пример 1:
const store1 = configureStore1();
const store2 = configureStore2();
const App = () => (
<>
<Provider store={store1}>
<MainProject />
</Provider>
<Provider store={store2}>
<SubProject />
</Provider>
</>
);
Пример 2:
const store1 = configureStore1();
const store2 = configureStore2();
const App = () => (
<Provider store={store1}>
<>
<MainProject />
<Provider store={store2}>
<SubProject />
</Provider>
</>
</Provider>
);
C роутингом пример будет немного сложней, но суть от этого не поменяется.