Mysql отлично хранит без проблем смайлики. Но я не знаю как обработать входящие данные через PHP, удалив html теги и прочую фигну, которой не месте в БД.
Зачем их удалять? При выводе - прогонять через htmlspecialchars, многие шаблонизаторы так по дефолту делают (если не задавать туда модификаторы "raw" и подобные по смыслу)