Вам нужно отключить "очистку рабочего стола", или как в вин7 это обозвали "обслуживание компьютера". При входе в систему винда проверяет пути ярлыков и прочие "неисправности" и первым делом удаляет ярлыки с рабочего стола, имхо этим всё обслуживание и заканчивается.
АртемЪ дал ссылку как это сделать.