Ну, иногда нужно быть детективом )
1) скопируйте файл который выполняется в папку, проверьте если он открывается оттуда(соответственно дело может быть в файле, кодировка или еще что-то)
2) Переименуйте .htaccess в .htaccess_ (проверьте что проблема не в .htaccess), так же и в папках, если есть.
3) Положите в папку файл index.php и попробуйте указать просто путь до папки в урл, возможно что где то в настройках стоит ноиндекс(емнип бывает и так)
4) Есть подозрение что вы открываете файлы "из других папок" не через урл, а через путь типа c:\server\localhost\myfolder\some.php , тогда конечно же интерпретироваться ваши файлы не будут, тупо откроются как хтмл.
