$text = 'СЧЕТУ 555 ОТ 01.01.2019, счету 556 ОТ 01.01.2019';
preg_match_all('/счету\s(\d+)\s/ui', $text, $matches);
print(implode(', ', $matches[1]));
//d{3,6} - здесь указываешь от скольки до скольки цифр бывает в номере счета.
preg_match_all('/\s(\d{3,6})\s/', 'СЧЕТУ 555 ОТ 01.01.2019, счету 556 ОТ 01.01.2019"', $matches);
$matches = $matches ? implode(',' , $matches[1]) : '';
print_r($matches);