- Нужно ли бандлить библиотеки из node_modules?
обычно их все в vendor.js помещают. Нужно это или нет, решаете сами.
- Как использовать dist библиотек из node_modules?
В мануалах к библиотекам должно быть написано. Обычно просто делается import пакета. А там уж как разработчик библиотеки повелел.
- Зачем dist в библиотеках, если вдруг это не используется при бандле webpack?
А если пользователь библиотеки не использует webpack?
Плюс часто делают amd, esm варианты. Для разных схем импорта.