1) "Запускаю копию модуля выгрузки на сайт из "Управление торговлей"" - о чем речь? Вы скачали обработку и пытаетесь запустить или вы скачали расширение и пытаетесь его установить?
2) "он не получает доступ к номенклатуре" - в каком смысле? Так и говорит, что нет доступа? Или какие-то ошибки при выполнении?
3) "В 1С предприятии есть какой-то фаервол, которые блокирует запуск сторонних модулей?" - в 1С:Предприятии есть ряд механизмов защиты:
- Защита на уровне прав - пользователю просто не дают роль для запуска внешних обработок, для использования встроенных обработок или для доступа к данным
- Защита на уровне выполнения - внешние обработки по-умолчанию запускаются в "безопасном режиме" с запретом на выполнение деструктивных действий.