нужно самостоятельно
облегчить это могут миграции в фреймворке, но их ручками нужно делать, но синтаксис облегченный
Если возьмете Symfony и Doctrine, то там есть команда, которая проверяет модели и конфиги из них (в аннотациях или yml файлах) и автоматом генерирует SQL-миграции с нужными связями