Привет.
RedBeanPHP сам по себе не может влиять на js. Всего скорее, у тебя происходит какая-то ошибка и в конечный html добавляется какой-то код (сообщение об ошибке, или трейс ошибки), который и ломает все.
Открой конечный код html (Ctrl+U в браузере) и посмотри что выводится в месте подключения redbean. Предполагаю, что там ошибка или код обрывается, это и приводит к проблеме.