Ну во-первых оно не везде создается, а только некоторыми скаффолдерами, типа express-generator, koa-generator.
Это просто файл запуска, исполняемый файл в линуксе, с указанием (!#) что открывать его надо с помощью node.js.
Исторически сложилось что он называется www, но это не обязательно, в некоторых фреймворках его нет.
Запуск отделен от app.js чтобы иметь возможность запустить экземпляр экспресса по другому, для тестирования например.
Простой
