Делаете функцию для вычисления среднего по одному месяцу:
function getMonthAverage($data, $month) {
$monthData = array_filter(array_column($data, $month), function($n) {
return $n > 0;
});
$count = count($monthData);
return $count ? array_sum($monthData) / $count : 0;
}
И вызываете её для тех месяцев, по которым хотите узнать средние значения, например:
$juneAverage = getMonthAverage($data, 'june');
UPD. Или можно посчитать сразу по всем месяцам:
$allAverage = array_reduce(array_keys($data[0]), function($acc, $n) use($data) {
$acc[$n] = getMonthAverage($data, $n);
return $acc;
}, []);