Вы уверенны, что дело в этом? То что в windows есть увеличение всего и вся по умолчанию - обычно никак не сказывается на адекватной Bootstrap верстке, просто браузер уверен, что экран меньше и bs вместе с ним. А вот масштаб в самом браузере - сказывается. И тут ничего не придумаешь.
Настройка в виндоуз лишь изменяет вьюпорт. Всё. Максимум может отобразится планшетная версия вместо десктопной.
Вертикальный скролл говорит о том, что контента больше чем на экран. Если не разворачивать браузер на весь экран, а сжать его, скажем, в половину по высоте, будет ровно тоже самое. Это нормально.
Вы точно говорите про масштаб самой винды и про вертикальный скролл, а не про горизонтальный и масштаб в браузере?
