У меня вообще все слиплось.))
Не нашел, как вы стартуете плагин, но есть 3 решения, которые я знаю:
1 (может помочь). Стартовать скрипт в
$(window).on('load')
2 (костыль). Давать таймаут на старт скрипта 200—500 ms.
3 (нативный). У того же парня есть классный плагин imagesloaded. Качаем, ставим...
$('все_дочерние_блоки_в_isotope img').imagesLoaded(function () {
стартуем isotope
});