Можно проверить user-agent на мобилки, это же для них ссылка.
А узнать может ли девайс открыть эту ссылку через приложение через JS... не думаю. Да и какой в этом смысл?
if( /Android|webOS|iPhone|iPad|iPod|BlackBerry|IEMobile|Opera Mini/i.test(navigator.userAgent) )