Так же как и обычно в ноде. Там два модуля, один main, он под node(в нем стартует new BrowserWindow), другой renderer, это то что отображается пользователю в хромиуме, в main использовать fs, в renderer обычная html страница, общаться друг с другом они могут через евенты. Через webpack там есть смысл только собирать то что будет отображаться в renderer.