какая структура каталога?
dirname ( __FILE__ ) . "/folder1/folder2/folder3/index.php" - странное описание для местонахождения файла.
когда вы делаете
require_once dirname ( __FILE__ ) . "/folder1/folder4/list.php";
в скрипте, находящимся по адресу
dirname ( __FILE__ ) . "/folder1/folder2/folder3/index.php"
фактически вы получаете файл
dirname(__FILE__) . "/folder1/folder2/folder3/folder1/folder4/list.php"
ведь dirname(__FILE__) получает директорию исполняемого скрипта, если я ничего не путаю. Вы уверены, что этого и добивались?
ну и второй вариант - права на чтение и исполнение у list.php