Сертификат который даёт скачать Cloudflare, это сертификат для проксирования, да, он не валидный для всех, он валиден только для прокси Cloudflare. Он нужен только для того, чтобы между вами и Cloudflare не кто не мог подделать трафик.
Нужно пропускать трафик через Cloudflare, тогда сам Cloudflare будет отдавать уже валидный сертификат.