Давно пользуюсь IDE NetBeans. Хотя изначально эта IDE предназначалсь для Java, на данный момент она поддерживает несколько языков програмирования. C/C++ входят в этот комплект. Кросс-платформенность достаточно хорошая. Для компиляции используется GCC в среде MinGW или CygWin. (На мой взгляд MinGW лучше, но это отдельная тема для обсуждения). Кстати Qt подключается к ней достаточно легко, и ПО написанное в Windows, легко компилируется под Linux и наоборот. Ну естественно, все что касается кросс-платформенности, верно для случаев, если Вы пишите код правильно, и проверяете, под какую ОС происходит компиляция. (в Linux есть /proc, а в Windows есть реестр).
Кстати про импорт кода с одной IDE в другую. NetBeans хорошо понимает стандартные пакеты с autoconf и automake. Поэтому, в итоге, их можно будет компилировать даже без самой IDE.