PHP работает с теми правами с которыми работает запускающий его процесс.
Например, если вы запускаете из консоли или по крону
php file.php
то права будут того пользователя из под которого запущена консоль или чей crontab.
Если php запускается Apache'м или Nginx'ом, то пользователь будет www-data.
Обычно для перезаписываемых php-папок выставляют минимальные права с владельцем www-data.
И cron настраивают именно для этого пользователя.
P.S. Это все верно для *nix систем. для windows опять же важно кто запускает PHP, например IIS будет запускать его соответствующим пользователем.