Можете посмотреть вот здесь, например:
https://www.digitalocean.com/community/tutorials/h... . Статья старая, но общее представление дает.
1. Вам на вашем компьютере стоит настроить тестовую среду, чтобы можно было проверить что все запускается прежде чем вообще что-то настраивать на сервере - так проще и быстрее. Что касается редактора, то тут все зависит от ваших предпочтений, хоть в блокноте если удобно. VS Code сейчас весьма популярен и обладает встроенной поддержкой GIT что удобно, если не хотите заморачиваться с использованием его через консоль.
2. Если в трех словах, то вы создаете проект локально - запускаете, тестируете что все работает - пушите в репозиторий своего проекта, на сервере пуллите все обновления и запускаете. Дальше повторяете при необходимости. Вести разработку сразу на удаленной ноде смысла никакого нет.
P.S. Если что, я не веб-разраб, так что возможно сейчас придумали что-то интереснее.