($dir == 'первый-вариант') || ($dir == 'второй-вариант')
Директория равна первому варианту ИЛИ директория равна второму варианту. Это условие будет выполняться только при двух перечисленных значениях $dir.
($dir != 'первый-вариант') || ($dir != 'второй-вариант')
Директория не равна первому варианту ИЛИ директория не равна второму варианту. Это условие будет выполняться всегда - если $dir не равна ни одному из вариантов, то условие выполнится. Если равна первому, то заведомо не равна второму и наоборот - условие всегда выполняется.
Вы не указали что вы подразумеваете под "
условие работает", но, полагаю, вам нужно это:
if (
($APPLICATION->GetCurDir() != '/otdykh-u-ivanycha/')
&& ($APPLICATION->GetCurDir() != '/otdykh-u-ivanycha/banya-1/')
) {}