<?
if (($itemid[PROPERTY_SKLAD2_VALUE] != 'Y') &&
($itemid[PROPERTY_FILTER_COLOR_ENUM_ID] == $FCOLOR))
{?><!--мой код--><?}
?>
Если выполнены оба условия, то выполняется код.
Как правильно сделать (не городить многоэтажность):
учитывать второе условие, если $FCOLOR не пусто,
если пусто, то выполнить код, учитывая только первое условие?