Нужно сравнить два вариант и выбрать наиболее быстрый из них:
1. Использовать IN. Так как есть ряд ограничений на его использование в MySQL, необходимо опытным путем подобрать оптимальное число аргументов в списке IN и делать несколько запросов.
2. Более правильный (на мой взгляд) вариант это использовать prepared выражение: создаете такое выражение и в цикле по вашему массиву выполняете его, должно работать очень быстро.