yii - это не cms, это framwork, так сказать инструмент для создания cms. Так что конкретного места нет. Все в руках разработчика. Есть ожидаемые места. Например папка modules и там модуль ЛК, если он как модуль реализован.
У меня есть сайт, мне надо перенести на вп
а в чем смысл этой затеи? Обычно люди при росте проекта наоборот переносят на yii, что бы оптимизировать нагрузку на сервер и иметь более гибкое решение. А Вы в обратном направлении. Есть причины, кроме "мой новый разработчик не смог понять что и где"?