Все оказалось проще. Перед тем как выполнить elementFromPoint я делаю перетаскиваемый элемент
position:'absolute',
'z-index':-1
затем
elementFromPoint
а затем у меня по коду идет установка для перетаскиваемого элемента
position:'absolute',
top:(ev.clientY+jsl(config.blankId).animate('scrollTop')-dw.y)+'px',
left:(ev.clientX+jsl('body').animate('scrollLeft')-dw.x)+'px',
width:jsl(dragObject.block).css('offsetWidth')-2+'px',
'z-index':1,
background:'transparent',
border:'1px solid rgba(128,128,128,.5)'
Так все работает.