Например у меня в таблице users есть столбец id и read.
Мне надо добавить в конец записи read пользователя с id=4.
В read будут попадать айди прочтенных им новостей.
Это неправильно.
Надо завести отдельную таблицу user_read, в которой будет всего два поля - id пользователя и id новости.
Соответственно, добавление "в конец" будет обычной операцией вставки.
Dias Oral, 10'000 записей в many-to-many это капля в море. То что вы делаете не соответствует принципу SQL, вам нужно либо менять базу на NoSQL, либо менять струтуру текущей базы на many-to-many, как сказали выше.