Тут очень хороший гайд по созданию бота, который помог мне разобраться в свое время.
https://groosha.gitbooks.io/telegram-bot-lessons/c...
Тут минималистичный пример на Flask. Там же в описании есть команды на создание сертификата. Хотя честно не помню, возможно проблема с сертификатом на этом хостинге сама решается (pythonanywhere).
https://gist.github.com/leandrotoledo/4e9362acdc5d...
Еще важный момент на который я когда-то потратил много времени - при запуске на
PythonAnyWhere у экземпляра
telebot.TeleBot(API_TOKEN, threaded=False) должна быть выключена многопоточность. Это обязательное условие, если выбран бесплатный тариф.