Разница в дальнейшей поддержке и развитии проекта. Hugo мне лично не зашел, остановился на Jekyll.
Плюсы Jekyll
- Возможность использования языка Liquid (например, чтобы автоматом проставлять рекомендованные статьи);
- Markdown. Это скорее вкусовщина, но мне лично он гораздо более приятен в чтении и форматировании текста, чем бесконечные html-теги;
- Возможность дописать собственные плагины, генераторы, которые при сборке тебе будут генерировать AMP-версии, Турбо-страницы, карту сайта и т.д. на основе существующих постов
- Возможность извлечения данных на страницу из csv, json, yml, yaml без использования JS;
- За дополнительные средства можно даже организовать админку и добавлять посты в приятном глазу UI.
Т.е. по большей части Jekyll (и другие SSG, читаем как static site generator) способен перекрыть потребности того же очень любимого всеми Wordpress.
Просто верстая аналогичные страницы на html,css,js, Вы будете затрачивать слишком много времени. И последний косвенный плюс, научитесь работать немного с командной строкой, программировать.