Насколько я понимаю, операции с базой данных ты не делаешь на PHP.
А проблема, заключается в том, как отдать файл NodeJS промежуточно.
Поэтому, когда пользователь отправил файл сайту, то сайт делает запрос к NodeJS и когда NodeJS ответил ему, то сайт (на PHP) дальше че то там делает (записывает в базу)
И конечно не забудь, включить 2 сервера (для php, и nodejs) на разных портах (8080-для php, 3000 - nodejs к примеру).