Напишите на том же php скрипт замены или воспользуйтесь утилитой sed.
sed линуксовая утилита, но ее виндовая версия есть в составе msys2, git bash, cygwin и т.п. пакетах.
Вызовы sed можно завернуть в батник.
Непосредственно использовать bat сценарий для прямой замены скорее всего не выйдет, т.к. в php файлах обычно присутствуют символы, которые являются специальными для bat (такие как: <>&| ...), из-за них bat сценарий будет завершаться ошибкой и работу не сделает.
Но вызовы sed в батник завернуть можно, т.к. непосредственно замену будет совершать sed, а не батник.