Обычно копируются базы данных: опции + атрибуты + бренды + товары + категории.
Если магазины не слишком отличаются, то этого достаточно обычно.
Если установлено много модулей, которые требуют своих полей в таблице, то надо вручную выявлять и копировать каждый столбец, которого не хватает.
Если это Ocstore, то там тоже есть свои поля в товарах и категориях, их надо перенести.