Всё так сложно потому, что это просто не нужно в повседневной работе, и даже опасно, и нет смысла упрощать процесс.
Работать от root, чаще всего, очень плохая идея, а те приложения, которые должны запускаться от root, например менеджер пакетов или оснастка для конфигурирования системы, и так умеют это делать.
Зачастую, в десктопном линуксе сейчас можно обойтись без редактирования конфигов, а если это вам действительно нужно, есть в конце концов консоль и sudo/su.
Запускать файловый менеджер, и в нём работать от рута - верный путь к выстрелу в ногу, и делать так не стоит.
Но вообще, сделать это можно, если вместо самой команды в ярлыке указать:
gksudo вашакоманда