Ответ: Нет!
Причина: Что такое ссылка справочника? Это тип справочника и этот самый GUID. Другой GUID - это другая ссылка. Если в базе есть справочники, документы или другие сущности, которые ссылаются на ваш элемент справочника, то даже после физического удаления из базы, когда все эти ссылки станут "битыми", из каждой из них можно узнать изначальный GUID.
Выход: А если очень нужно? Если нужно, то можно. Вам нужно с помощью функции НайтиПоСсылкам() или собственного кода найти все ссылки на ваш элемент. Далее создать в базе новый элемент с данными оригинального элемента, которому с помощью УстановитьСсылкуНового() установить ссылку сформированную с помощью ПолучитьСсылку() на базе вашего GUID, а потом записать. И наконец, сделать замену во всей базе по ранее полученному списку старой ссылки на новую, после чего старый элемент можно полностью удалить из базы.